ส่วนข้อความที่ระบุถึงพระยาบดินทรเดชาและเจ้าพระยาพระคลังดังกล่าวข้างต้นนี้ปรากฎชัดอยู่ในพระราชพงศาวดารว่า เมื่อเดือนอ้าย พ.ศ. 2377 พระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าอยู่หัว ได้โปรดเกล้าฯ ให้เจ้าพระยาพระคลังเป็นแม่กองออกไปสร้างวัดโยธานิมิต (วัดโบสถ์) ที่จังหวัดจันทบุรีพร้อมกับสร้างเมืองจันทบุรีขึ้นใหม่ ซึ่งถ้าพิจารณาหลักฐานดังกล่าวนี้แล้วจะเห็นว่า ชื่อวัดโยธานิมิตในจังหวัดจันทบุรีและจังหวัดตราดต่างมีชื่อพ้องกันทุกประการ แม้แต่ชื่อที่ใช้เรียกกันทั่วๆ ไปคือ วัดโบสถ์ ก็มีเหมือนๆ กัน จึงเข้าใจว่าอาจจะเกิดความสับสนไขวัเขวกันขึ้นระหว่างวัดทั้งสองนี้และเข้าใจเอาว่าการสร้างวัดโยธานิมิตที่จังหวัดจันทบุรีเป็นการสร้างที่จังหวัดตราดก็ได้

ปัจจุบันสำนักงานพระพุทธศาสนาจังหวัดตราด ได้ใช้อาคารพระปริยัติธรรมของวัดโยธานิมิต พระอารามหลวง (บริเวณด้านข้างศาลสมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราช) เป็นสถานที่ทำการตั้งแต่เดือนตุลาคม 2563 จนถึงปัจจุบัน

“วัดบุปผาราม” เดิมเป็นวัดโบราณซึ่งสร้างมาแต่ครั้งสมัยกรุงศรีอยุธยา ชื่อว่า“วัดดอกไม้” ไม่ปรากฏหลักฐานว่าใครเป็นผู้สร้าง ต่อมาเป็นวัดร้าง ในยุคต้นกรุงรัตนโกสินทร์ รัชสมัยพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัวรัชกาลที่ ๓ ท่านผู้หญิงจันทร์ ภรรยาเอกของสมเด็จเจ้าพระยาบรมมหาประยูรวงศ์ (ดิศ บุนนาค)ซึ่งเป็นมารดาของสมเด็จเจ้าพระยาบรมมหาศรีสุริยวงศ์ (ช่วง บุนนาค) ได้ทำการปฏิสังขรณ์เนื่องจากเป็นวัดที่อยู่ใกล้บ้านของท่าน ต่อมาปลายสมัยรัชกาลที่ ๓ พ.ศ. ๒๓๙๑ สมเด็จเจ้าพระยาบรมมหาศรีสุริยวงศ์ เมื่อครั้งยังเป็นจมื่นไวยวรนาถและเจ้าพระยาทิพากรวงศ์ (ขำ บุนนาค) เมื่อครั้งยังเป็นจมื่นราชามาตย์ ได้ทำการบูรณะปฏิสังขรณ์ ในกาiบูรณะปฏิสังขรณ์วัดครั้งนี้ พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ ๔  ทรงช่วยในการบูรณะปฏิสังขรณ์ด้วย แล้วพระราชทานนามใหม่ว่า “วัดบุปผาราม”